Река берёт начало на северном склоне
Станового хребта. В пределах
Алданского нагорья течёт в каменистом русле со множеством перекатов. Между устьями Учур и Мая протекает по широкой долине, далее — по межгорной равнине. В пойме расположены многочисленные озера. В нижнем течении Алдан дробится на ряд рукавов. Наиболее крупные притоки: справа — Тимптон, Учур, Мая,
Аллах-Юнь; слева —
Амга, Нотора и Татта. Всего река принимает 275 притоков, имеющих длину более 10 км. В бассейне Алдана имеется более 114 тыс. водотоков и более 51 тыс. озёр.