Родился в
Регенсбурге. Не признанный отцом, был воспитан в Испании вдали от света. Карл V в своём завещании признал дон Xуана своим сыном;
Филипп II, относившийся к отцу с благоговением, призвал юного принца ко двору и относился к нему благосклонно. Время с 1561 по 1564 г. дон Xуан провёл в университете в
Алкале вместе с дон Карлосом и
Александром Пармским; с первым он был в дружеских отношениях. При дворе Xуан приобрёл всеобщее расположение, а король устроил для него отдельный дворец и дал ему те привилегии, которые обыкновенно давались
инфантам.