Отличился в сражении при Жемаппе см; в 1798 г. командовал французскими войсками в Риме и Церковной области; в 1799 г., проиграв сражение на реке Треббии (см. Итальянский поход Суворова), был отозван в Париж.
В 1800 и 1801 гг. Макдональд начальствовал в Швейцарии и Граубиндене, откуда вытеснил австрийцев.