Основана 9 марта1964 года как НИИ молекулярной электроники (НИИМЭ), при котором 1 февраля1967 года был создан завод «Микрон». Первым директором НИИМЭ в 1965 году стал Камиль Ахметович Валиев.
Завод «Микрон» (вместе с зеленоградским заводом «Ангстрем» и минским объединением «Интеграл») являлся основным производителем интегральных схем в СССР.