Нигер питается водами летних
муссонных дождей. В верхнем течении паводок начинается в июне и у
Бамако достигает максимума в сентябре — октябре. В нижнем течении подъём воды начинается в июне от местных дождей, в сентябре он достигает максимума. Среднегодовой расход воды Нигера в устье 8630 м3/сек, годовой сток 378 км3, расходы во время паводков могут достигать 30-35 тыс. м3/сек.