Река берёт начало на возвышенном правобережье Северной Двины, течёт параллельно ей на северо-запад в широкой долине. Протекает главным образом по широкой
пойменной долине; в нижнем течении Пинега близко подходит к реке
Кулой (впадает в
Мезенскую губу Белого моря), с которой связана каналом
Кулой-Пинега). Питание реки в основном снеговое, в тёплый период дождевое. Средний расход воды около 430 м³ /сек. Замерзает во второй половине октября - начале ноября, вскрывается во второй половине апреля - первой половине мая. Главные притоки: слева - Выя,
Юла, Покшенга; справа - Илеша, Ежуга. Судоходна от пристани Горка (около 580
км от устья).