Она удалила нелюбимого старшего сына,
Птолемея IX Сотера II Лафура (Латира) Филометора , на Кипр (ещё при жизни отца), и избрала в соправители младшего сына, Птолемея X Александра I. По требованию народа, она должна была, однако, призвать Лафура, заставив его предварительно развестись с женой-сестрой Клеопатрой IV, которая казалась ей опасной, а младшего отправила наместником на Кипр. До 107 до н. э. она правила с
Лафуром; но когда он, вопреки её воле, решился послать помощь Антиоху Кизикскому против Маккавея Гиркана, она возмутила против него войска и опять возвела на престол своего любимца. С ним она правила до 89 г до н. э. Между тем
Лафур, по проискам матери, должен был удалиться и из Кипра, и через несколько времени объявил ей войну. Птолемей X Александр I отказался было от власти, но энергичная
Клеопатра III настояла на том, чтобы он сохранил её. Вскоре после этого Птолемей X Александр I восстал против матери, убил её, бежал, вследствие народного недовольства, и умер на дороге в Кипр (89 до н. э.).