Берёт начало в Альпах, протекает через Боденское озеро, пересекает отроги Юры и Шварцвальда, после чего течёт по Верхнерейнской низменности. В среднем течении прорывается через Рейнские Сланцевые горы. Нижнее течение — в пределах Среднеевропейской равнины, где русло во многих местах ограждено дамбами. Впадает в Северное море, образуя сложную дельту.