Основан
митрополитом
Алексием в
1365. Название получил по церкви Чуда
Архангела Михаила в
Хонех, ставшей впоследствии усыпальницей митрополита Алексия. В
1483 на территории монастыря была сооружена Алексиевская церковь. По распоряжению чудовского архимандрита Геннадия в неё перенесли мощи митрополита Алексия. В
1501—
1503 древнюю церковь Михаила Архангела сменил храм, возведенный итальянскими мастерами.