Солёность воды в проливе — 30 psu. Флора и фауна представлена около 2000 морских видов.
Скагеррак был стратегически важной позицией для Германии во время обеих мировых войн. Во время Первой мировой войны здесь произошло одно из крупнейших морских сражений — Ютландская битва. Необходимость контроля над проливом послужила для Германии одной из причин для вторжения в Данию и Норвегию во время Второй мировой войны.