O termo "alergia alimentar" é muitas vezes utilizado pelo leigo, de maneira inapropriada, para representar qualquer tipo de condição supostamente desencadeada pela ingestão de algum alimento específico. O diagnóstico médico de "alergia", no entanto, deve necessariamente implicar no conhecimento do mecanismo imune responsável pela hipersensibilidade. Quando o mecanismo desencadeante dos sintomas não está esclarecido, o melhor termo a ser utilizado é “reação adversa ao alimento”. Quando os sintomas são isolados (não reprodutíveis), diz-se que é uma reação adversa ocasional. Quando a sintomatologia é reprodutível, causada por estímulos específicos e provocados por doses normalmente toleradas pela maioria das pessoas, classifica-se a reação adversa como "hipersensibilidade alimentar", uma denominação genérica que não implica na fisiopatologia do mecanismo relacionado. Quando a natureza da reação é uma hipersensibilidade confirmadamente causada por mecanismos imunes, pode-se empregar o termo "alergia alimentar". Se os mecanismos responsáveis pela reação de hipersensibilidade forem definidos como de natureza não imune, deve-se empregar o termo "intolerância alimentar" ou "hipersensibilidade alimentar não alérgica". A distinção entre intolerância e alergia nem sempre é simples, mesmo para médicos especialistas no tema.

Nas alergias alimentares, por sua vez, procura-se fazer a distinção entre as reações mediada por IgE, as reações não mediada por IgE e as reações de natureza mista, onde estão envolvidos mecanismos mediados por IgE e mecanismos não mediados por IgE.