Estudos mais detalhados concluíram que o Aquífero Guarani é menor do que os pesquisadores calculavam e, sobretudo, com volume e qualidade da água inferiores aos estimados inicialmente. Além disso, é descontínuo (como na região de Ponta Grossa, no Paraná), de constituição complexa e heterogêneo. Um dos mais importantes estudos feitos sobre ele, "A redescoberta do Aquífero Guarani", foi desenvolvido em 2006 pelo geólogo José Luiz Flores Machado, do Serviço Geológico do Brasil. Flores Machado afirmou, em seu estudo, que, a rigor, não se trata de um único aquífero mas de um "sistema aquífero". Sendo assim, o correto seria chamá-lo de "Sistema Aquífero Guarani".

A maior parte (70 por cento ou km²) da área ocupada pelo aquífero — cerca de km² — está no subsolo do centro-sudoeste do Brasil. O restante se distribui entre o nordeste da Argentina ( km²), noroeste do Uruguai ( km²) e sudeste do Paraguai ( km²), nas bacias do rio Paraná e do Chaco-Paraná. A população atual do domínio de ocorrência do aquífero é estimada em quinze milhões de habitantes.