A Baía de São Francisco é um estuário raso e fértil que drena cerca de 40% dos cursos de água da Califórnia, que, fluindo através do rio Sacramento e do rio San Joaquin a partir das montanhas da Sierra Nevada, entram no oceano Pacífico. Tecnicamente, ambos os rios desaguam na baía de Suisun, a qual desagua no estreito de Carquinez para se unir ao rio Napa na entrada da baía de São Paulo, a qual conecta-se em sua extremidade sul à Baía de São Francisco, embora todo o grupo de baías interconectadas seja muitas vezes citado como "Baía de São Francisco".