Com o fim do breve período de ocupação pela
Alemanha Nazista (1941–1945), e a volta do domínio soviético, a
bandeira da Lituânia Soviética, vigente de 1945 até 1989, inicialmente foi constituída de uma
bandeira soviética genérica e vermelha, com o nome da república, que depois mudou para a bandeira vermelha com barras
brancas e verdes na parte inferior. A última alteração na bandeira atual ocorreu em 2004, quando a
proporção altura/largura mudou de 1:2 para 3:5. A bandeira é idêntica à bandeira da ilha dinamarquesa
Ærø, que assim como a Lituânia também fica localizada no
Mar Báltico.