O exército seljúcida foi comandado pelo sultão Alp Arslan e o exército bizantino pelo imperador , que foi capturado durante os combates. No lado bizantino, os principais combatentes foram os soldados profissionais das tagmata orientais e ocidentais, pois grande parte dos mercenários e recrutas anatólios fugiram no início do combate e sobreviveram à batalha.

A debandada de Manziquerta foi desastrosa para os bizantinos, tendo resultado em conflitos civis e crise económica que debilitaram severamente a capacidade do império para defender as suas fronteiras. Isso possibilitou um movimento massivo de turcos para a Anatólia Central e em 1080 os turcos seljúcidas tinham tomado uma área de . Só após 30 anos de guerras civis é que o império voltou a ter estabilidade, sob o governo de . Embora os historiadores mais recentes rejeitem a opinião dos seus antecessores que consideravam a derrota em Manziquerta como um revés catastrófico para os bizantinos, continuam a considerá-la como um acontecimento com consequências muito dolorosas.