O Comando de Operações Especiais conta com unidades versáteis de apoio e de operações especiais, com efetivos de
comandos, operações psicológicas e de
forças especiais, com elevados níveis de treinamento, em condições de atuarem rapidamente em qualquer ponto do território nacional. Destacamentos da Brigada de Operações Especiais possuem a capacidade de infiltrar-se no ambiente operacional por terra, mar ou ar, utilizando-se de meios convencionais ou não, como viaturas especiais, embarcações e salto de paraquedas de aeronaves com asas rotativas ou fixas. As unidades de operações especiais que integram o Comando são o
1º Batalhão de Forças Especiais, o
1º Batalhão de Ações de Comandos, o
1º Batalhão de Operações de Apoio à Informação e a 3ª Companhia de Forças Especiais, que é voltada exclusivamente para o emprego na área do
Comando Militar da Amazônia. Possui ainda o
Centro de Instrução de Operações Especiais, onde são formados os seus recursos humanos e também outras unidades de apoio logístico e administrativo, além de uma unidade de emprego singular no
Brasil, o
1º Batalhão de Operações de Apoio à Informação