Após o assassinato de seu irmão Giovanni, César abandona a carreira religiosa para tornar-se guerreiro, onde é nomeado Duque de Valentinois. César casou-se com a francesa Charlotte de Albret, e teve com ela uma filha, Luisa Bórgia. Conviveu com figuras ilustres como Leonardo da Vinci e Nicolau Maquiavel, inimigos de sua família, de forma que ele chegou ao ponto de prender Da Vinci para que ele construísse armas para seu exército. Seu poder e influência enfraqueceram após a morte de seu pai, o papa Alexandre VI, e sua sucessão pelo papa Júlio II, notável inimigo dos Bórgias. César chegou a ser preso, mas escapou da prisão, e foi morto na cidade de Viana, na Espanha.