Em Fevereiro de 1800, os franceses tentaram abastecer a guarnição enviando uma série de navios liderados pelo contra-almirante Jean-Baptiste Perrée, que partiram de Toulon. O esquadrão de bloqueio, sob o comando do contra-almirante Horatio Nelson, interceptou os navios franceses, e, durante a curta batalha que se seguiu, Perrée foi morto e o seu navio-almirante capturado. No mês seguinte, o navio de linha Guillaume Tell rumou de Valeta para Toulon, carregado de soldados, mas também este foi interceptado e forçado a render-se aos britânicos durante a uma pequena batalha. Estas derrotas tornaram a situação francesa na ilha insustentável, e a sua rendição inevitável. Embora Vaubois tenha aguentado por mais cinco meses, acabou por se entregar a 4 de Setembro, altura em que a mortalidade entre a guarnição, devido a fome e tifo, ascendia a 100 homens por dia. Malta foi controlada pelos britânicos, facto que iria ser um factor significativo nas Guerras Napoleónicas, no início de 1803. O controlo da ilha de Malta pelos britânicos iria ter uma duração de 164 anos, até à independência em 1964.