Fundado na época do período regencial brasileiro, integrava um projeto civilizatório mais amplo do império do Brasil, do qual faziam parte a fundação do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro e o Arquivo Público do Império, seus contemporâneos. No plano da educação. Alguns autores acreditam que pretendia-se a formação de uma elite nacional. Contudo, pesquisas recentes indicam que a conversão do Seminário de São Joaquim em Collégio de Pedro II foi feito para que servisse de modelo para as províncias, que, após a Reforma da Constituição de 1824, ocorrida em 1834, deveriam sozinhas providenciar a instrução local, e muitas não o fizeram adequadamente, embora o Governo remetesse corretamente a verba orçamentária prevista para este fim. Para os que acreditam que o projeto era para a elite, justificam com objetivo a proposta de formar quadros políticos e intelectuais para os postos da alta administração, principalmente pública.Mas esta visão é precipitada, pois o ensino secundário já era propedêutico do ensino superior, na prática, desde 1827, com a criação dos cursos jurídicos. Além disto, foi a Constituição de 1824 que previu no artigo 179, em seus incisos XXXII e XXXIII que a instrução primária teria um viés diferente do ensino secundário e superior.

Conta com 12 campi na cidade do Rio de Janeiro nos bairros do Centro, São Cristóvão (3 unidades), Humaitá (2 unidades), Tijuca (2 unidades), Engenho Novo (2 unidades) e Realengo (2 unidades). Também possui um campus em Niterói e outro em Duque de Caxias.