No dia 22 de março, o presidente constitucionalmente eleito Amadou Toumani Touré foi deposto por um golpe de Estado promovido por militares contrários à conduta do governo na resolução da crise, apenas um mês antes que ocorressem as eleições para a presidência. Os militares rebelados, sob a bandeira do Comitê Nacional para a Restauração da Democracia e do Estado (CNRDE) suspenderam a constituição do Mali, embora essa ação tenha sido revertida no dia primeiro de abril. Como uma consequência da instabilidade política que se seguiu ao golpe, as três maiores cidades do norte do Mali - Kidal, Gao e Timbuktu - foram tomadas por rebeldes tuaregues. Em 5 de abril, depois da captura de Douentza, o MNLA afirmou que havia atingido seus objetivos e cancelou sua ofensiva. No dia seguinte, foi proclamada a independência de Azauade do Mali.

O MNLA inicialmente apoiado pelo grupo islâmico Ansar Dine. Depois que os militares do Mali foram expulsos de Azauade, o Ansar Dine começou a impor a sharia. O MNLA e os islâmicos se esforçaram para conciliar suas visões conflitantes para o novo Estado pretendido. Posteriormente, o MNLA começou a lutar contra o Ansar Dine e outros grupos islâmicos, incluindo Movimento para a Unidade e Jihad na África Ocidental (MUJOA), um grupo dissidente do Al Qaida no Magreb Islâmico. Até 17 de julho de 2012, o MNLA perdeu o controle da maioria das cidades do norte do Mali para os islamitas.