Embora farta literatura tenha sido publicada nos últimos anos, não há qualquer demonstração científica sobre a ocorrência do fenômeno. O sistema de classificação "crianças índigo" e "crianças cristais" é rejeitado por conselhos de pediatria e especialistas em educação infantil. Críticos apontam que o sistema é tão vago que pode aplicar-se a praticamente qualquer um, levando ao que se conhece como efeito Forer. Por não haver evidência científica a tais alegações, outra questão a ser considerada tem a ver com a maneira como os pais tratam tal situação como uma espécie de fuga ou negação da possibilidade de que seu filho ou filha, na realidade, seja portadora de algum grau de autismo. Contudo, é de notar a crescente relevância que as crianças índigo têm revelado para a parapsicologia.

As crianças índigo são também comumente associadas à Geração Y.