O termo se refere a um grupo de questões controversas inter-relacionadas entre os dois países, a respeito de direitos de soberania na região do Egeu; este grupo de conflitos teve um efeito enorme nas relações greco-turcas desde então, e levou por duas vezes a crises que beiraram a troca de hostilidades militares, uma vez no início de 1987 e outra em 1996. As questões do Egeu se dividem em diferentes categorias:

• A delimitação das águas territoriais,
• A delimitação do espaço aéreo nacional,
• A delimitação de zonas econômicas exclusivas e o uso da plataforma continental,
• A delimitação das regiões de informação de voo (FIR), e de sua importância para o controle da atividade aérea militar,
• A questão do status de desmilitarização designado a certas ilhas gregas da região,
• A alegação turca de "zonas cinzentas", de soberania indefinida, sobre diversas ilhotas, especialmente em Imia/Kardak.

Desde 1998 os dois países estão tentando superar as tensões através de uma série de medidas diplomáticas, especialmente com vistas ao acesso da Turquia à União Europeia. No entanto, diferenças entre os canais diplomáticos apropriados a serem tomados para uma solução significativa ainda não foram resolvidos.