Foi criada em 1991, pela incorporação, em uma só empresa, do órgão estadual de extensão rural - ACARESC - e o órgão oficial de pesquisa agropecuária - EMPASC, da Associação de Crédito e Assistência Pesqueira de Santa Catarina (ACARPESC) e do Instituto de Apicultura de Santa Catarina (Iasc). Está presente na maior parte dos municípios catarinenses e possui centros de treinamentos e unidades de pesquisa voltadas primordialmente à agricultura familiar. Em termos estruturais possui 23 gerências regionais, 14 unidades de pesquisa e 02 campos experimentais, 9 estações experimentais (nas cidades de Urussanga, Caçador, Videira, Campos Novos, São Joaquim, Itajaí, Canoinhas, Ituporanga e Lages, um centro de pesquisa para a agricultura familiar sediado em Chapecó, três centros de estudos localizados em Florianópolis, além de um parque ecológico de apicultura.

Seu dirigente é nomeado pela Secretaria de Estado da Agricultura e Política Rural, e atualmente é o Sr. Luiz Ademir Hessmann. Segundo seu sítio institucional, as atribuições principais são "cumprir e fazer cumprir as políticas, diretrizes, estratégias e prioridades institucionais; formular e executar projetos e atividades voltadas ao desenvolvimento sustentável do meio rural e pesqueiro e apoiar os programas de desenvolvimento regionais e municipais".