Casou-se com
Maria Ana de Saboia, a sexta filha de
Vitor Emanuel I da Sardenha. Eles não tiveram descendência. Fernando era incapaz de governar seu império por causa de sua deficiência mental, por isso, seu pai, antes de morrer, promulgou que ele consultasse o
arquiduque em todos os aspectos da política interna, e pediu-lhe para ser influenciado pelo príncipe
Metternich, do ministério de relações exteriores da Áustria.