Os museus exibem a
arte moderna e a pós-moderna, mas algumas filiais exibem também a
arte comercial. Além disso, diversas filiais do Guggenheim são famosas por sua arquitetura distinta, como, por exemplo, os edifícios do Museu Solomon R. Guggenheim (de
Frank Lloyd Wright), o Museu Guggenheim Bilbao (de Frank Gehry) e o Guggenheim Las Vegas (de
Rem Koolhaas). A fundação desenvolveu a reputação de empregar arquitetos famosos e construir edifícios de realce. Entretanto, críticas são feitas quanto a esse ponto, pois muitas vezes os edifícios dos museus são mais famosos e conhecidos que os trabalhos artísticos que estão neles expostos.