A proposta de criação do fundo foi originalmente assegurada no Artigo 239 da Constituição Federal, nascida especificamente de emenda apresentada por José Serra em 1987 durante a Assembléia Constituinte. Dois anos depois, Serra apresentou seu projeto de lei, PL-2250/1989, para regulamentar o dispositivo constitucional que tratava do assunto. Nele, propôs a instituição do FAT "para custeio do programa do seguro-desemprego e do pagamento do abono anual".

Os valores depositados no FAT também são usados para fins diversos (e não somente para custeio do seguro-desemprego), como aqueles descritos nos arts. 10 da Lei 7.998 e 239 da Constituição Federal e nas Leis 8.019/990 e 9.365/96: financiamento do abono salarial anual, de programas de educação profissional/tecnológica e dos programas de desenvolvimento econômico (que recebem, pelo menos, 40% das contribuições para o PIS/PASEP, administrados pelo BNDES).