Na área assistencial, atua por meio de ações de promoção da saúde, prevenção das doenças, atenção médico-hospitalar no nível terciário de complexidade e reabilitação de sequelas após o tratamento das doenças. Na área acadêmica, desenvolve cursos de graduação e pós-graduação senso lato e senso estrito. Na área de pesquisa, atua em todos os ramos das ciências da saúde, por meio de seus 62 Laboratórios de Investigação Médica.

Desde sua inauguração, em 19 de abril de 1944, o Complexo Hospital das Clínicas da FMUSP é considerado um dos mais importantes polos brasileiros de disseminação de informações técnico-científicas, sendo um Centro de excelência e referência no campo de ensino, pesquisa e assistência. Com área construída de cerca de 380 mil metros quadrados conta com dois mil leitos e 15 mil profissionais nas mais diversas profissões. É formado por sete institutos, dois hospitais auxiliares, laboratórios de investigação médica, unidades especializadas e demais áreas de apoio como o Prédio da Administração e Anexos, o Centro de Convenções Rebouças e a Escola de Educação Permanente.