Crítico ao extremo, porém convicto de suas posiões, Dom Carlos negou o dogma romano da infalibilidade papal, tendo ainda acusado publicamente a autoridade vaticana, responsabilizando-a de colaborar na fuga de oficiais nazistas em 1945, durante a Operação Odessa, no final da segunda guerra mundial. Por outro lado, o Bispo de Maura assumia uma postura bastante compreensível e por tanto menos rígida quanto à disciplina eclesiástica do celibato e quanto à situação dos divorciados.