Em 1994, a Igreja Ortodoxa Copta, que é a igreja-mãe da Igreja Ortodoxa Etíope, indicou um arcebispo para a Igreja Ortodoxa Eritreia. Esta igreja nacional obteve também sua autocefalia em 1998, com a consagração do seu primeiro Patriarca eritreu pelo Papa da Igreja Copta. Assim sendo, a Igreja Tewahido Eritreia é atualmente uma Igreja autocéfala independente da Igreja Ortodoxa Copta e da Igreja Ortodoxa Etíope.