O acesso ao continente é feito por uma ponte na rodovia Piaçagüera-Guarujá e pela Travessia Santos-Guarujá de balsas que ligam a ilha de Santo Amaro e o bairro da Ponta da Praia no município de Santos. Há também o transporte por balsas para Bertioga. Além destas há um serviço de transporte de passageiros através de embarcações com capacidade para dezenas de passageiros que partem de um terminal no porto, próximo à alfândega de Santos e de Vicente de Carvalho. Da bacia do mercado partem pequenas embarcações que também transportam passageiros em menor número.