Klinghoffer também é o líder do
Dot Hacker, banda que fundou em 2009 e foi um dos membros do
Ataxia (com Frusciante), The Bicycle Thief e
Warpaint. Ele também já gravou e fez turnês com os músicos como
Beck,
Butthole Surfers,
The Black Keys, Har Mar Superstar, Golden Shoulders, Jon Brion,
Nine Inch Nails,
PJ Harvey, Sparks, That Dog, The Bicycle Thief, Thelonious Monster e Vincent Gallo.