Korçë foi fundada por volta de 1280, quando sua existência foi pela primeira vez registrada, com o nome de Coviza, mas foi destruída em 1440 pelo Império Otomano, então em expansão. Foi posteriormente reconstruída ainda no século XV e desenvolveu-se como um importante centro comercial em uma região predominantemente agrícola da Albânia. Durante vários anos, a cidade rivalizou com um assentamento valáquio vizinho chamado Voskopoja, o qual foi destruído posteriormente em uma guerra, durante o século XVIII.

A cidade e a região vizinha têm uma importante comunidade grega e aromena. Possui também uma pequena população de eslavos da Macedônia. Em 1805, o viajante francês François Pouqueville constatou que 2/3 da população total (de aproximadamente 1300 famílias) era de gregos ortodoxos. A população grega local alcançou um notável grau de autonomia em 1862.