Kritsa tem um extenso registro histórico com evidências de ocupação desde o milênio Perto da vila, estão as ruínas da antiga cidade grega de Lato, uma das mais poderosas cidades dóricas em Creta, assim como o assentamento minoico de Kastellos que remonta o século XIII ou Supõe-se que Leto foi fundada após Kastellos ser abandonado. Antes da entrada do vilarejo está a antiga igreja bizantina de Kera Panagia, uma igreja repleta de afrescos bizantinos (séculos XIII e XIV). Durante a Idade Média, Kritsa foi possivelmente a maior aldeia da ilha. Foi destruída inúmeras vezes durante os últimos séculos em decorrência de sua participação nas revoluções ocorridas em Creta.