Ela nasceu como uma princesa do
Ducado de Módena e Reggio e é mais lembrada pelo nascimento controverso de Jaime Francisco Eduardo. Na época acreditou-se que ele era uma
criança trocada, levada para dentro do quarto escondido em uma panela a fim de perpetuar a dinastia católica de seu marido. Apesar da acusação ser inteiramente falsa, com as investigações do Conselho Privado confirmando isso, o nascimento do menino foi um dos principais fatores que contribuiram para a Revolução Gloriosa, que depôs Jaime II & VII e o substituiu por sua filha protestante
Maria II, fruto de seu primeiro casamento com
Ana Hyde, e seu sobrinho e genro
Guilherme III & II.
Maria passou o resto de sua vida exilada na
França junto com seu marido e seus filhos, morando no
Castelo de Saint-Germain-en-Laye dado pelo rei
Luís XIV de França. Ela era popular entre os cortesãos franceses, em contraste com Jaime que era visto como tedioso. Ele morreu em 1701 e ela passou sua viuvez junto com as freiras do Convento das Visitações em Chaillot. Como Jaime Francisco Eduardo era muito jovem para assumir o governo nominal após a morte do pai, Maria atuou como sua regente até ele completar dezesseis anos. Seu filho deixou a França por causa do
Tratado de Utrecht de 1713, porém ela ficou apesar de não ter nenhum familiar. Maria morreu de
câncer de mama em 1718.