Até ao final do século XX, a vida de Wollstonecraft, que incluiu várias relações pessoais não convencionais, foi alvo de mais atenção do que os seus trabalhos. Depois de duas relações fracassadas, com Henry Fuseli e Gilbert Imlay (de quem teve uma filha, Fanny Imlay), Wollstonecraft casou com o filósofo William Godwin, um dos pais do movimento anarquista. Wollstonecraft morreu com 38 anos de idade, dez dias depois de ter dado à luz a sua segunda filha, deixando vários manuscritos inacabados. A sua filha Mary Wollstonecraft Godwin também se tornaria uma escritora, com o nome de Mary Shelley, a autora de Frankenstein.

Depois da morte de Mary Wollstonecraft, o seu marido publicou uma Memória (1798) da sua vida, revelando o seu estilo de vida menos ortodoxo, que lhe destruiu a sua reputação por quase um século. Contudo, com o advento do movimento feminista no virar do século XX, a defesa feita por Wollstonecraft da igualdade das mulheres, e das críticas às convenções de natureza feminina, tornaram-se cada vez mais importantes. Nos dias de hoje, Wollstonecraft é vista como uma das fundadoras do feminismo filosófico, e é habitual as feministas citarem tanto a sua vida, como a sua obra, como influências importantes.