Após a fusão, a companhia tornou-se uma das maiores fabricantes de aviões comerciais e militares do mundo, lançando modelos como o F-15 Eagle, McDonnell Douglas MD-11 e McDonnell Douglas MD-90. Porém, a companhia continuou a sofrer economicamente, acabando por ser comprada pela Boeing, por 13 bilhões de dólares, em 1996. Desde então, todos os aviões comerciais anteriormente em produção pela McDonnell Douglas pararam de ser produzidos (o MD-11 por falta de clientes e para evitar concorrência contra o Boeing 777; o MD-90, para evitar concorrência com o Boeing 737), com exceção do Boeing 717, que foi inicialmente desenvolvido pela McDonnell Douglas. A Boeing recentemente anunciou sua decisão em parar definitivamente a produção do 717 (falta de clientes, evitar concorrência com o 737).