A ocupação desta região do estado do Ceará começou com a própria ocupação cearense, por volta de 1603 com a ocupação da área onde hoje existe a cidade de Fortaleza. Desde os primeiros séculos de ocupação esta região foi sendo bastante ocupada. Já em 1823 as cidades mais próximas em todo o Ceará eram Fortaleza, Caucaia e Aquiraz. Ao final do século XIX está mesorregião já tinha as cidades de Maranguape, Pacatuba, Pacajus, Messejana e Parangaba, estas duas últimas em 1921 foram anexadas de volta ao território de Fortaleza voltando a ser distritos.

Apesar da mesorregião levar o nome de Metropolitana de Fortaleza, está não coincide totalmente com a Região Metropolitana de Fortaleza, que além dos 11 municípios da mesorregião, inclui ainda Chorozinho, São Gonçalo do Amarante e recentemente foram incorporados também os municípios de Pindoretama e Cascavel.