No museu está o principal centro de investigação arqueológica de
Portugal, com peças provenientes de todo o país. Na entrada do museu encontram-se estátuas de granito, de mais de 2 metros de altura, provenientes do norte de Portugal e que representam
Guerreiros Calaico-Lusitanos do século I dC. As exposições permanentes se dividem em
Antiguidades Egípcias, com peças que cobrem cinco mil anos de história e incluem sarcófagos e diversas estátuas, e
Tesouros da Arqueologia Portuguesa, com notáveis peças de ourivesaria da
Idade do Bronze à
Idade do Ferro. O museu possui também a maior colecção de mosaicos romanos em museus portugueses, provenientes em sua maioria do sul do país. Além das exposições permanentes, o museu frequentemente organiza mostras temporárias sobre diversos temas.