Foi instituído em 2004, a partir do PL 3.582/2004 encaminhado ao Congresso Nacional. Até 2013, o Prouni permitiu o acesso ao ensino superior à 1,2 milhão de jovens, sendo que 1.116 IES particulares participam atualmente do programa, com uma média equivalente a uma bolsa para cada 10,7 alunos pagantes o que é significativo pois 74% das matrículas do ensino superior brasileiro estão nas faculdades particulares, correspondendo à 5,2 milhões de alunos.