Por parte devido aos papeis quase iguais do exército norte-americano e da marinha norte-americana ao conduzir a guerra no Teatro do Pacífico, mas em grande parte devido a motivos de política interna, não houve um único comandante Aliado ou norte-americano para o Teatro de Operações, quando em comparação com o Teatro de Operações Europeu só houve um comandante supremo, Dwight Eisenhower. De fato, a estrutura da organização era confuso, sendo frequentemente necessário os chefes conjuntos da equipa estarem envolvidos, e os comandantes do exército e da marinha terem de reportar a ambos o Secretário da Marinha e o Secretário da Guerra. (Sem dúvida que estas dificuldades ajudaram e motivaram a formação do Departamento da Defesa em 1947.)

Os dois principais comandantes Aliados no TOP eram o Almirante Chester Nimitz e o General Douglas MacArthur.