Reconhecida como uma das instituições terciárias de topo da Alemanha, a FU Berlin foi uma de nove universidades de topo alemãs (também conhecidas como “universidades de elite”) a vencer na Iniciativa para a Excelência das Universidades Alemãs, uma iniciativa organizada pelo governo federal alemão que tem o objetivo de identificar e formar uma Ivy League alemã. Tendo recebido uma distinção em cinco programas doutorais, três centros de pesquisa interdisciplinares (alguns deles em cooperação com outras universidades) e na estratégia institucional geral, a FU Berlin foi a mais bem sucedida universidade na iniciativa. Nos rankings universitários, a universidade conta-se entre as melhores da Alemanha. Estabeleceu uma forte reputação nas Humanidades e nas Ciências Sociais, sendo uma das instituições de topo da Europa nestes campos.

Excluindo a escola médica Charité, co-administrada com a Universidade Humboldt, a FU Berlin é presentemente a universidade líder em oito centros de pesquisa cooperativos da Fundação Alemã de Pesquisa (DFG) e tem cinco unidades da DFG. Catorze académicos da FU Berlin receberam até hoje o Prémio Gottfried Wilhelm Leibniz da DFG, o mais respeitado prémio para feitos de pesquisa na Alemanha.