Universidade de Estrasburgo tem sua origem no Gymnasium, instituição de confissão protestante fundada em Estrasburgo por Jean Sturm em 22 de Março de 1538 e que adquiriu o status de universidade em 1621. Em 1681 foi ocupada pelo Rei da França e foi ajuntada à França. Em 1871 foi fundada de novo pelos alemães, com o nome Universidade Imperador Guilherme. Em 1919, depois da Primeira Guerra Mundial, a universidade tornou-se francesa de novo e todos os cursos desde então passaram a ser em francês.