O
corpo humano transporta cerca de 100 trilhões de microrganismos nos seus
intestinos, uma série dez vezes maior do que o número total de células humanas no corpo. As atividades metabólicas desempenhadas por estas bactérias se assemelham aos de um
órgão, levando alguns a comparar bactérias do intestino a um órgão "esquecido". Estima-se que esta flora intestinal tem cerca de cem vezes mais
genes, no total, uma vez que existem no
genoma humano.
Bactérias compõem a maior parte da flora do
cólon e até 60% da massa seca de
fezes. Cerca de 300 a 1000
espécies diferentes vivem no intestino, com a maioria das estimativas em cerca de 500. No entanto, é provável que 99% das bactérias pertençam a cerca de 30 ou 40 espécies. Os
fungos,
protozoários e
archaea também compõem uma parte da flora intestinal, mas pouco se sabe sobre suas atividades.