Paralelamente, uma brutal guerra civil travou-se entre os diversos grupos e facções, envolvendo praticamente toda a população do país. Combatentes estrangeiros também foram ao Iraque para lutar contra as tropas ocidentais. Durante o período de   ocupação, ocorreram numerosas violações dos direitos Humanos, tanto por parte dos grupos da resistência como das  forças ocupantes.

Em 2003, no primeiro ano de ocupação do Iraque, a violência era esporádica. Mas, em 2004, a resistência à ocupação (agora protagonizada por jihadistas ligados a facções extremistas  como a al-Qaeda) se organizou e intensificou suas ações contra as tropas da coalizão ocidental. Constituiu-se uma guerrilha urbana, com maciços atentados a bomba e extenso uso de  explosivos improvisados. Entre 2003 e 2007, pelo menos 600 mil iraquianos morreram, sendo a esmagadora maioria composta de civis. De 2003 e a 2014, cerca de 4.491 militares americanos também perderam a vida, assim como outros 400 soldados da coalizão, dos quais 179 eram britânicos. Em 2007, contudo, a violência começou a declinar, o que se atribuiu à maior presença de tropas americanas e à reconciliação de grupos xiitas e sunitas moderados com o governo iraquiano.