Yoritomo, do clã vencedor Minamoto, estabeleceu um governo militar, ou xogunato, em Kamakura. Isso significou o fim do antigo sistema monárquico e o início do exercício do poder pela classe dos samurais, baseada num sistema feudal. O shogum e sua administração, o bakufu, apesar de serem a autoridade mais forte do Japão, não constituíam o governo oficial do país: na teoria, a corte imperial de Kyoto desempenhava essa função. Durante grande parte do século XIII, o Japão viveu em relativa prosperidade. A população aumentou, os povoados começaram a crescer e alguns se converteram em cidades. Ampliou-se o comércio com a China, com aquisição de riquezas e novas idéias. O código de honra dos samurais, de uma simples série de lealdade feudais, transformou-se em vigoroso código moral, que se manteve nos séculos posteriores.

Neste período e local surgiu Nitiren Daishonin , monge e ideólogo budista fortemente perseguido pelas autoridades, e que sintetizou o Sutra de Lótus  em sua mandala Gohonzon , sintetizada na frase Nam myoho rengue kyo .