O relógio molecular é uma técnica em evolução molecular para relacionar o tempo de divergência entre duas espécies com o número de diferenças moleculares medidas entre as sequências de DNA ou proteínas. Quanto mais aparentados geneticamente, menor o tempo de separação entre duas espécies. A teoria do relógio molecular é uma excelente ferramenta para a biologia. Essa teoria afirma que as moléculas evoluem em uma taxa aproximadamente constante. Ele ajudou a estudar os mecanismos que impulsionam a evolução molecular. Além de fornecer uma ferramenta universal para investigar o passado de processos evolutivos. Esse método torna possível contar as discrepâncias em sequências moleculares entre indivíduos sobreviventes, no caso espécies. As discrepâncias serão maiores quanto mais distantes são as relações de parentesco. Ele tornou possível prever várias fontes de variação na taxa de evolução molecular. No entanto, mesmo não fornecendo dados exatos, ou seja, ele fornece estimativas de tempo de eventos na história evolutiva, a ampla gama de hipóteses biológicas que vão desde as origens do reino animal para o surgimento de novas epidemias virais. Eventos como especiação tem a possibilidade de ter o seu tempo estimado. A grande dificuldade dessa técnica é fazer a calibragem, que no caso é a conversão do número de discrepâncias em anos. A calibragem deve ser realizada com fóssil de datação conhecida, o que torna a técnica controvérsa, pois não é possível admitir que a taxa de evolução seja fixa , já que a falta de fósseis torna as estimativas para as divergências mais antigas bastante imprecisas. Com essa teoria ficou possível prever várias fontes de variação na taxa de evolução molecular.