As instituições de pesquisa da APTA atendem à demanda tecnológica das várias cadeias de produção do agronegócio, utilizando seu potencial de geração e transferência de conhecimento, em uma visão de desenvolvimento sustentado, com foco na inovação com responsabilidade social e ambiental e para o fortalecimento da economia baseada no agronegócio. Para isso, estão respaldadas pela capacitação profissional de pesquisadores e técnicos. Composta por cerca de 2.200 servidores, entre pesquisadores científicos, técnicos de apoio às áreas de pesquisa, administração e laboratório, a APTA é a maior instituição estadual de pesquisa no Brasil e a segunda maior do País. Por ano, são conduzidos cerca de 1.530 projetos de pesquisas nas áreas de agricultura, pecuária, piscicultura, aquicultura, equinocultura, suinocultura, apicultura, economia agrícola, controle biológico de pragas e doenças e processamento de alimentos. A APTA conta com 64 unidades experimentais e 43 laboratórios de pesquisa. A Agência tem ainda 200 normas e procedimentos de acreditações e/ou certificações, o que a torna líder no quesito no País.