A Autoridade Portuária opera o Porto Newark-Terminal Marítimo Elizabeth, que tem o terceiro maior volume de embarque entre todos os portos nos Estados Unidos em 2004 e o maior na costa leste. A Autoridade Portuária também opera as travessias no rio Hudson, incluindo o túnel Holland, túnel Lincoln e a ponte George Washington, que conecta Nova Jersey com Manhattan, e três passagens que ligam Nova Jersey com Staten Island. A Rodoviária da Autoridade Portuária e do sistema ferroviário PATH também são mantidos pela Autoridade Portuária, bem como os aeroportos LaGuardia, John F. Kennedy, Newark e Teterboro. A agência tem o seu próprio Departamento de Polícia, com membros, que é responsável pelo fornecimento de segurança e de dissuasão de atividades criminosas nas propriedades e instalações da Autoridade Portuária.

Embora a Autoridade Portuária gerencie boa parte da infraestrutura de transportes na área, a maior parte das pontes, túneis e outras instalações de transporte não estão incluídas nas suas responsabilidade. O Departamento de Transportes da Cidade de Nova York é o responsável pela Balsa de Staten Island e pela maioria das pontes na cidade. A MTA Bridges and Tunnels é a responsável por outras pontes e túneis na área.