Na Antiguidade, em tempos bíblicos, a cidade já existia, como é mencionado no Livro de Josué (19:15). De acordo com documentos históricos, em Belém existia um vilarejo judaico até a destruição do Templo de Herodes (também conhecido como o Segundo Templo). Na Idade Média o lugar foi colonizado por cristãos, porém foi abandonado depois de algum tempo.

Alguns arqueólogos como Avraham Oshri, de Israel, têm a opinião que Jesus Cristo teria nascido em Belém da Galileia, e não em Belém da Judéia.