O rompimento entre o Clube dos 13 e a CBF, ocorrido no ano anterior, terminou redundando num campeonato mais enxuto e competitivo, com apenas 24 clubes e, pela primeira vez, com um sistema verdadeiro de acesso e descenso, conforme recomendado pela Fifa. O regulamento estabelecido no início do campeonato foi cumprido: os quatro últimos colocados da Série A (Bangu, Santa Cruz, Criciúma e América/RJ) caíram para a Série B em 1989, sendo substituídos por Inter de Limeira e Náutico, respectivamente campeão e vice do Campeonato Brasileiro Série B em 1988. Este sistema perdurou até 1992.

Já o sistema de pontuação foi alterado, em caráter experimental. Cada partida passou a valer três pontos: em caso de vitória no tempo normal, o vencedor ficava com os três pontos e o perdedor, com zero; em caso de empate, cada clube ficava com pelo menos um ponto, e o terceiro ponto era disputado em cobranças de pênaltis. Porém, na fase final, permaneceu o sistema de contagem de pontos tradicional: dois pontos por vitória, um por empate, e zero por derrota.